粪便DNA提取实践是一种用于从粪便样本中提取基因组DNA的实践技艺，这关于讨论肠道微生物组、疾病诊断和境遇监测等规模拥有苛重意旨。该实践的重要主意是从粪便样本中提取高质地的基因组DNA，以便举办后续的分子生物学了解，如PCR、测序等，但分歧提取要领对DNA的纯度和产量有分歧的影响。下面咱们就一道来了然一下粪便DNA提取实践的难点及分歧提取要领的比拟。

　　l杂质去除穷困：粪便样本中含有多种可溶性杂质，如胆红素、胆汁盐、腐殖酸、植物源性多糖等。这些杂质难以洗涤和去除，从而导致提取的DNA纯度低。

　　lDNA得率低：粪便样本中零落细胞较少，微生物含量较低，某些样本中还存正在细胞壁较厚的革兰氏阳性菌，裂解不充溢或洗脱不充溢，都或者导致提取的DNA得率低。

　　lPCR等压抑因子的影响：粪便样品中含有的多聚糖、植物多糖、胆酸、胆盐、胆色素、消化液、粘液等均为酶学响应的压抑物，均会对Taq酶等的活性形成影响，从而影响到粪便DNA的下游检测。

　　和凡是的结构细胞核酸提取分歧，粪便样本自己的纷乱性给DNA提取实践带来了较浩劫点，假如讨论者无法得回高质地的DNA，即纯度和得率缺一不成的DNA，则无法顺手举办后续实践，因而，咱们采用目前最常见的Trizol法和柱提法永别举办粪便DNA的提取，柱提法选用了市情上三款试剂，永别是国内著名公司N的粪便DNA提取试剂盒、Qiagen QIAampDNA Mini Kit以及BIOG粪便DNA提取试剂盒，主意是思从中找到最适合举办粪便DNA提取实践的要领和试剂。

　　咱们企图了4份无另表粪便样本，每份重量200mg，永别利用上述要领及试剂举办DNA的提取，实践结果如下所示：

　　琼脂糖凝胶电泳可对提取的粪便DNA质地举办检测，以便更好的评估DNA的完美性与巨细。咱们用等量洗脱液（40uL）对四份样本的粪便DNA举办了洗脱，永别取5uL DNA水溶液和1uL 6×Loading buffer混淆匀称，举办琼脂糖凝胶电泳。结果如图所示，四组提取的粪便DNA巨细较为类似，个中Trizol提取的粪便DNA条带是最亮的，或者是因为提取到的DNA量较高的源由，但同时条带也显现了弥散和降解的处境，其它三款试剂提取的DNA样品则均为明晰规整的简单条带，且没有显现弥散或降解，Qiagen和BIOG的条带比品牌N的要更亮极少，提示提取的DNA浓度要更高极少。

　　对粪便DNA浓度与纯度的检测关于后续举办PCR、荧光定量PCR、DNA重组均分子生物学实践来说是须要的。咱们利用紫表分光光度仪对4份提取的DNA样本举办了0D260、0D280的检测，依据0D260揣测DNA浓度及 0D260/0D280比值检测DNA纯度。结果如下表所示：从DNA浓度来看，Trizol法提取的最高，为190.25ng/uL；BIOG和Qiagen的次之，永别为162.34ng/uL和159.45ng/uL；品牌N提取的DNA浓度最低。从DNA纯度上来看，OD260/OD280比值应正在1.7-1.9之间，依据这个模范，BIOG和Qiagen试剂盒提取的粪便DNA纯度均达标，品牌N提取的DNA样本中略有杂质，而Trizol提取的DNA纯度仅有1.32，较不睬思。

　　归纳上述实践结果，咱们展现常用的Trizol法固然提取的粪便DNA浓度高，可是DNA的质地并不表合，实践流程中难以避免发作DNA降解的处境；同时，因为操作流程中很难齐备去除杂质，因而导致提取的DNA纯度也不睬思，很或者存正在PCR压抑物，对后续涉及到酶学响应的实践会存正在很着作对。假如没有较大驾御的讨论者，不提议挑选该种要领，最好依然挑选柱提法试剂盒来提取，如BIOG粪便DNA提取试剂盒和Qiagen的QIAamp DNA Mini Kit。无论是从提取的DNA样本色地来看，依然从提取的浓度和纯度来看，两者均有优异的浮现，证明两款试剂盒内一是具备了强裂解才智的裂解液和消化液，也许充阔别解粪便样本，消化核酸表部的卵白，使得DNA被充溢隔释，进而进步了DNA的提获得率；二是两者具备了洗杂才智较强的洗涤液，哪怕是关于粪便这种存正在吲哚、酚类、卵白质等杂质多而纷乱的样本，也能将这些污染去除洁净，担保了提取的DNA纯度，也更有利于举办后续的PCR相干实践。